Четири костенурки и плъх попадат на генномодофициращ разтвор, изхвърлен в канал, който ги трансформира и им придава човешки черти. Плъхът става техен наставник и учител, и ги посвещава във нинджичу. Сега костенурките ще трябва да използват новооткритите си умения, в сраженията с престъпноста в Ню Йорк!