V souladu s paktem Ribbentrop – Molotov Sovětský svaz 16. června 1940 začlenil Estonsko do svého území. 55 tisíc estonských občanů bylo zmobilizováno do řad rudé armády. Německo toto území v roce 1941 obsadilo. Místní obyvatelstvo vítalo německé osvoboditele a 72 tisíc z nich vstoupilo do německých ozbrojených sil. Estonští dobrovolníci v řadách Waffen-SS, tzv. baltské legie, patřili k nejkvalitnějším jednotkám SS. V září 1944 byli německé jednotky evakuovány po moři a na území Estonska vstoupila rudá armáda. Se sověty však nepřišla svoboda, ale poroba. Zbytky estonských ozbrojených skupin kladly odpor až do 50. let, kdy probíhaly čistky a likvidace, politické procesy, teror a především deportace do gulagů na Sibiř.
