Celospolečenské změny po roce 1989 se projevily i v českém loutkářství. Vedle státem podporovaných statutárních divadel, jež umožňují vznik celosouborových výpravných inscenací, se rodí nezávislá scéna, která funguje na grantovém systému. Tady si vytvářejí svébytný styl soubory jako například pražské Buchty a loutky, brněnské Divadlo Líšeň nebo jihočeské Divadlo Continuo. Pro Buchty a loutky je typické postmoderní mísení nejrůznějších prvků – hraček, loutek malých, velkých i rozbitých a specifický humor. Divadlo Continuo staví na svých loutkářských kořenech, ale vyvíjí se i směrem nového cirkusu a fyzického divadla. Vedle těchto „alternativních“ přístupů, které s tradicí zacházejí zdánlivě s malým respektem, vznikají i představení, která zkoumají historické hodnoty klasických marionet – zmiňme loutkovou operu Don Giovanni v režii Karla Brožka. I v této době přicházejí do světa loutek výtvarníci, kteří používají loutku jako nové médium, například Petr Nikl.
