I "Jake og piraterne på Ønskeøen" kan man følge en besætning af børnepirater - Jake og hans venner Lizzy og Bulder - når de tager ud på eventyr rundt omkring på Ønskeøen. Målet er at snøre de to ø-kendte figurer Kaptajn Klo og Smisk, som vi kender fra "Peter Pan". Hvert afsnit er fyldt med spændende eventyr, musik og sjov.
