Shinji erwacht nach 14 Jahren und findet sich auf dem Schlachtschiff AAA-Wunder der Anti-NERV-Organisation WILLE wieder, die von Misato und anderen ehemaligen NERV-Mitgliedern gegründet wurde. Obwohl Shinji für Rei alles riskiert hatte, konnte bisher nur er aus der EVA-Einheit 01 geborgen werden. Als das Schlachtschiff plötzlich von EVA 09 angegriffen wird, hört Shinji die Stimme von Rei und begibt sich in die Obhut der EVA-Einheit, um mit ihr zu verschwinden. Er wird zur fast komplett zerstörten Geofront gebracht. Hier versucht Shinji sich an die neue Umgebung anzupassen und trifft dabei auf den rätselhaften Kaworu Nagisa. Beide begeben sich auf die Suche nach Rei und stoßen dabei auf schreckliche Wahrheiten hinter den Engeln, NERV, den Evangelion und dass die Rettung von Rei den Third Impact ausgelöst hat, der die Erde stark verwüstet hat.
