Die Menschheit hat sich ihren größten Feind selbst geschaffen: Metanoide, cybernetische Übermenschen, regieren nach mehreren blutigen Kriegen die Erde. Das Überleben der Menschen wird nur durch absolute Unterwerfung garantiert. Doch mehrere Piraten kämpfen weiter für die Freiheit der Menschen, unter ihnen der berüchtigte Captain Harlock. Kommandant Warrior Zero wird gezwungen, ihn zu jagen – mit einer Mannschaft aus Menschen und Metanoiden. Aber können Mensch und Maschine überhaupt zusammenarbeiten?