La película trata de tres jóvenes hermanos que aprenden artes marciales de su abuelo. Cada año, Samuel Jr. (Michael Treanor), Jeffrey (Max Elliott Slade) y Michael Douglas (Chad Power) visitan a su abuelo japonés, Mori Tanaka (a quien los niños cariñosamente se refieren como el abuelo), para el verano. Mori es altamente calificado en los campos de las artes marciales y Ninjutsu, y durante años ha capacitado a los niños en sus técnicas. Él es interpretado en todas las secuelas de esta película por Victor Wong. En la primera película, Mori les da a los chicos sus nuevos "nombres de ninja":
