En la segunda temporada, la tripulación del U.S.S. Enterprise, bajo el mando del capitán Christopher Pike, se enfrenta a apuestas cada vez más peligrosas, explora territorios inexplorados y se encuentra con nuevas formas de vida y civilizaciones. La tripulación también se embarcará en viajes personales que continuarán poniendo a prueba su determinación y redefiniendo sus destinos. Enfrentándose a amigos y enemigos, tanto nuevos como conocidos, sus aventuras se desarrollarán de formas sorprendentes nunca antes vistas.