En la serie, Godzilla (el bebé que sobrevivió a la destrucción del Madison Square Garden y del cascarón del huevo al final de la película de 1998 - a menudo apodado Zilla Jr, batalla un gran grupo de monstruos gigantes. El espectáculo rastrea Godzilla y equipo H.E.A.T. alrededor del planeta luchando contra nuevas mutaciones y otras bestias sobrenaturales. La serie no sólo tenía la batalla de Godzilla con varios kaiju, como un murciélago gigante, pero también se enfrentan a una flota de invasores conocidos como "taquiones" en un homenaje a Destroy All Monsters, y un rival multimillonario excéntrico de Nick. En un giro irónico de la adaptación original de TV Godzilla, en la película de 1998, Godzilla tiene un aliento inflamable mientras que en esta serie, su hijo tiene un aliento atómica verde
