La trama comienza en el mismo punto donde lo dejó Mighty Morphin Alien Rangers. Rito y Goldar han destruido el Centro de Mando con una bomba, pero no han tenido tiempo de escapar a la explosión y han dejado el cristal Zeo entre los escombros, quedando ellos sin memoria abandonados en Angel Grove. Mientras, Rita y Zedd son expulsados de la luna por el Imperio de las Máquinas, liderado por el rey Mondo, la reina Máquina y el príncipe Sprocket, que buscan conquistar la Tierra para así dominar el universo entero. Mientras tanto, los Rangers encuentran el cristal Zeo, que les guía hasta las profundidades bajo el Centro de Mando, donde encuentran la Power Cámara, el nuevo cuartel general donde les esperan Zordon y Alpha 5 sanos y salvos, quienes no pierden el tiempo y utilizan el cristal Zeo para invocar nuevos poderes que reemplazaran a las Power Monedas y les permitirán enfrentarse a las Máquinas, los poderes de los Power Rangers Zeo.
