Una sombra se cierne sobre Ash, Aura y sus amigos a medida que continúan su viaje a través de la región de Hoenn, ¡y no solo es la del Monte Cenizo! Tanto el Equipo Magma como el Equipo Aqua llevan a cabo sus planes, y nuestros héroes, sin quererlo, se ven envueltos en la situación. Cuando no están intentando evitar que se lleven a cabo planes malvados, Ash y Aura continúan con sus objetivos: Ash intentando conseguir tres Medallas de Gimnasio más y Aura ganando sus tres primeras cintas de concursos. Además, consiguen nuevos Pokémon, como Torkoal y Bulbasaur, pero ¿podrán llegar a controlarlos?
