A principios de la década de 2050, formas de vida desconocidas, las "Células de Oracle", aparecieron repentinamente y comenzaron a "devorar" todos los objetos de la Tierra. La gente, sin saberlo, llamó "Aragami" por asombro, ya que devoraron todo y se diversificaron como formas de vida feroces. Las armas existentes fueron completamente ineficaces contra los Aragami, y la humanidad fue privada gradualmente de su hábitat. Un rayo de luz brilla sobre tales seres humanos. Se desarrolló un arma biológica "máquina de Dios" incrustada con células de Oracle, y se organizó una unidad especial conocida como "God Eater" para manipularla. En un mundo oprimido por dioses violentos, se levanta el telón de la interminable batalla de los "devoradores de dioses".
