La tercera temporada cubre el final del tercer año de presidencia y el comienzo del cuarto. Comienza con el anuncio del presidente de su candidatura a la reelección y el distanciamiento con su esposa. El guión incluye la investigación del presunto encubrimiento de la enfermedad del presidente Bartlet, que lucha por conseguir su segundo mandato enfrentándose con el terrorismo mundial. Acontecimientos reales y ficticios totalmente cruzados en uno de los episodios históricos realizado tras los atentados terroristas del 11 de septiembre, 2001.
