Rizwan Khan est un petit garçon musulman qui grandit à Borivali, dans la banlieue de Mumbai (Inde), entouré de l'affection de sa mère. Celle-ci, malgré son comportement déroutant, lui inculque les valeurs de tolérance, d'amour et de justice. Adulte, Rizwan rejoint son frère émigré aux États Unis où sa belle-sœur lui diagnostique un syndrome d'Asperger, forme atténuée d'autisme. Alors qu'il travaille pour l'entreprise familiale, Rizwan fait la connaissance et tombe amoureux de Mandira, Indienne et hindoue. Malgré la différence de religion, ils se marient et vivent heureux avec le fils que Mandira a eu d'un précédent mariage. Mais après le 11 septembre les choses changent, la famille est en bute à l'ostracisme anti-musulman et, accablée de douleur, Mandira rejette son mari qu'elle rend responsable du drame qui les frappe. Pour reconquérir la femme qu'il aime, Rizwan entreprend un long périple afin de faire savoir à tous que "Son nom est Khan et qu'il n'est pas un terroriste".
