Haruka et Elfie sont enfin parvenus à pénétrer à l'intérieur de Tokyo Jupiter et observent les Kamina. Ayato apprends alors le secret de ses origines de la bouche de sa mère, Maya. Choqué il appelle le Rahxephon, qui devenu incontrôlable détruit une partie de la ville. C'est alors que deux Dolems font leur apparition. Hiroko, qui cherche à revoir Azyato, est alors blessée d'un coup de feu...
