Le lendemain de leur nuit ensemble, Castle et Beckett se prouvent alors qu'elle n'était pas basée sur un coup de tête quand Martha rentre plus tôt que prévu et interrompt leurs ébats matinaux : Alexis a une gueule de bois au lendemain du bal des diplômes. Castle demande alors à Beckett de se cacher dans le placard ce qui la rend particulièrement de mauvaise humeur. Ryan, avec la supervision du capitaine Gates, poursuit l'enquête sur Cole Maddox. Sans avertir Victoria, il va demander l'aide de Beckett et de Castle, car il a trouvé une piste. C'est ainsi qu'ils remontent à Michael Smith, le dernier lien qui protégeait Beckett. Malheureusement, Beckett et Castle arrivent trop tard car ils retrouvent Smith dans un sale état et le dossier a été brûlé par Maddox. Juste avant de partir en ambulance, Smith donne un indice important à Castle, ce qui lui permet de trouver le vrai dossier. De son côté, Esposito réussit à découvrir la véritable identité de Cole Maddox. Kate et Richard se rendent dans un immeuble de logements désaffectés pour chercher le véritable dossier. Sur place, ils sont piégés par Maddox qui les enferme dans une salle de bain. Esposito vient à leur rescousse et les libère. Ils se mettent alors à rechercher Maddox, mais celui-ci a trouvé le dossier si important et le prend. Cependant, le dossier étant piégé, Maddox meurt dans l'explosion, le dossier original est aussi détruit. Plus tard, Castle et Beckett rendent visite à Smith, qui est à l'hôpital. Ce dernier conseille à Beckett de disparaître, comme lui s'apprête à le faire, mais celle-ci refuse. Quelques minutes après leur départ, Castle et Beckett reviennent dans la chambre de Smith afin d'avoir sa coopération dans l'affaire, mais celui-ci est mort d'une mystérieuse crise cardiaque. À la suite de cela, Ryan apporte à Kate, Castle et Esposito les morceaux du dossier détruit dans l'explosion. L'équipe va assembler des morceaux de papier afin de reconstituer le dossier. C'est ainsi qu'ils vont trouver le nom de l'homme qui a commandité le meurtre de la mère de Kate. Il s'agit de William Bracken, un sénateur qui fait campagne à New York ; à l'époque, celui-ci finançait ses campagnes en prenant sa part dans les rançons des mafieux enlevés par les policiers. Alors que Castle dormait, Kate se prépare à rencontrer Bracken. Au réveil de Castle, trouvant le lit vide, celui-ci panique à l'idée que Kate commette l'irréparable. Avec l'aide de Ryan et Esposito, ils arrivent à l'hôtel où se trouvent Bracken et Kate. Avant l'arrivée des garçons, Kate passe un marché avec Bracken : s'il lui arrive quelque chose à elle ou à un de ses proches, le dossier deviendra public, ce qui compromettra Bracken. Enfin, Beckett demande la permission à son chef de reprendre son job de flic. Gates accepte mais Kate doit d'abord terminer sa mise à pied. Castle lui demande alors ce qu'elle veut faire pendant ce temps. Elle lui répond qu'elle trouvera bien quelque chose alors que l'ascenseur se referme.
