Plus d'un an s'est écoulé depuis le retour des 4400. Tom a repris son travail au NTAC mais a été assigné à une tache purement bureautique. Diana, qui a adopté Maia, réussit finalement à le faire réintégrer à son ancien poste. Ils font de nouveau équipe pour enquêter sur les événements entourant les 4400. De leur côté, Richard et Lily se sont réfugiés dans la montagne pour protéger leur bébé. Enfin Jordan ouvre un nouveau Centre destiné aux personnes ne faisant pas partie des 4400 et qui veulent les comprendre. Il est aidé par Shawn qui accepte de soigner les riches bienfaiteurs du Centre...
