Quelques années après les événements de Adieu, Galaxy Express 999, Tetsuro et sa compagne maternelle Maetel, ont essayé de se débarrasser du maléfique Empire mécanisé, mais maintenant que Tetsuro est de retour sur la planète Terre, il se fait battre par des dirigeants cruels, qui ont pris le dessus après la destruction des machines. Maetel l'emporte une fois de plus.