Après s’être débarrassé de Mazinkaiser en l’envoyant dans le cratère d’un Mont Fuji désormais entré en éruption, le nouveau monstre mécanique se lance à la poursuite de Boss, Sayaka et des autres. Il s’apprête à en finir lorsqu’un événement inattendu se produit avec le retour de Great Mazinger. Après avoir emmené tout le monde à l’abri, Jun explique qu’il s’agit du véritable Great Mazinger, le précédent n’étant qu’un prototype. Le petit groupe découvre également le Kaiser Scrander, qui permettra désormais à Mazinkaiser de voler. Tandis que Great Mazinger s’occupera de détruire les dizaines de monstres mécaniques envoyés par le Docteur Hell, Kôji et Mazinkaiser décident d’aller défier celui-ci au cœur même de sa base …