Nos héros se retrouvent perdus dans les nombreuses galeries qui traversent le Mont Foré. Heureusement, ils rencontrent un Chercheur Pokémon nommé François, qui vient de découvrir un fossile du Pokémon Tortantique préhistorique, Carapagos. Nos héros et François sont bientôt chassés de la montagne par l'amie d'enfance de ce dernier, Lina, qui dirige une mission d'extraction minière.