Lors d'une chaude journée d'été, Nathan, un jeune garçon, découvre un étrange appareil en se promenant en forêt. De cette machine surgit un Yo-kai nommé Whisper, qui lui tend la Yo-kai Watch. En activant sa nouvelle montre magique, Nathan révèle de nombreux Yo-kai, qui évoluent tout autour de lui. Les Yo-kai sont des êtres invisibles responsables des petits tracas du quotidiens. Lorsque vous vous disputez avec votre famille, quand vous souffrez d'un mauvais rhume, quand vous avez envie de dire "non" à tout, ou quand vous perdez confiance en vous ... il est fort probable qu'un Yo-kai en soit la cause. Nathan commence alors à résoudre les petits problèmes de son entourage, en persuadant les Yo-kai de ne plus causer de soucis et de se lier plutôt d'amitié avec lui. Lorsqu'il se fait un nouvel ami Yo-kai, celui-ci lui offre une médaille Yo-kai spéciale, comme signe de leur nouvelle amitié. Dans les situations compliquées, Nathan peut faire appel à ses amis Yo-kai pour l'aider, en insérant les médailles correspondantes dans sa Yo-kai Watch. Plus Nathan a d'amis Yo-kai de son côté, moins ses missions sont difficiles et plus son entourage retrouve le sourire !
