12000 ans après la guerre qui opposa les anges déchus à l'humanité, les survivants humains tentent d'affronter à nouveau leur némésis. Pour cela, ils utilisent des vectors, des vaisseaux de combats qui, en fusionnant, forment l'Aquarion, la seule arme capable de vaincre les anges. C'est dans ce contexte que Silvia, la supposée réincarnation de Céliane, la grande combattante pour l'humanité dans la précédente guerre, et pilote des vectors rencontre Apollo, un jeune garçon semblant être la réincarnation d'Apollonius, le seul ange déchu à s'être battu contre les siens pour aider les humains et sa bien-aimée Céliane.
