Dans le royaume de Yamatai, un nouveau monstre est préparé pour affronter Jeeg mais aussi une nouvelle arme est installée sur le vaisseau : le Super Absorbeur Magnétique, capable d'absorber l'énergie magnétique de Jeeg pour la retourner contre le robot lui-même. La mission est confiée à Flora, commandant suprême de l'armée impériale. La base est également équipée d'un nouveau système de propulsion pour la navette, le moteur ionique, qui permettra au vaisseau de se déplacer horizontalement. Flora, grâce à la surveillance, découvre la base où sont fabriqués les composants de Jeeg et aussitôt le monstre Aniba attaque les usines. Jeeg intervient avec les composants sous-marins pour intercepter le monstre mais trouve le vaisseau de Flora. L'affrontement revient à la surface : Miwa en difficulté contre le vaisseau extraterrestre tandis que Hiroshi doit tenir en échec le monstre qui détruit les usines.
