Ashida a trafiqué l’horloge ancestrale afin de bloquer le soleil à son zénith et provoquer une sécheresse qui va détruire la nature. Les Mini-Ninjas partent dans le désert à la recherche du temple sacré où se trouve l’horloge afin de la réparer. En plus de la soif et des mirages qui leur jouent des tours, les Mini-Ninjas vont devoir affronter de nouveaux samouraïs scorpions !