Dopo gli eventi di Murder Speculation , Shiki Ryougi è stata in coma per due anni a causa di un incidente stradale. Quando finalmente si risveglia, non ha ricordi del suo passato ed è afflitta da una profonda solitudine. Ancora più strano, nota delle linee scure che avvolgono le cose intorno a lei, e se le tocca può smontare l'oggetto, cosa che la terrorizza completamente. Il suo amico Mikiya Kokutou chiede l'aiuto di Touko Aozaki, un mago che può aiutare Shiki a capire di cosa sono veramente capaci i suoi occhi, i "mistici occhi della percezione della morte", e come usarli correttamente.
