Nella sesta stagione, in seguito alla battaglia su Lian Yu, Oliver deve bilanciare la sua identità di Green Arrow, essere il sindaco ed essere padre di William. Allo stesso tempo, nuovi nemici emergono, ciascuno con legami personali ai membri del Team Arrow: Ricardo Diaz, Cayden James, il fondatore di Helix, e Black Siren, il doppelgänger di Laurel di Terra-2 e Vigilante, accomunati dal desiderio di vendetta verso Green Arrow. Nel frattempo Rene, minacciato da Samantha Watson che non avrebbe più rivisto la figlia Zoe, decide di testimoniare contro Oliver causando la sua cacciata dal Team. Anche Dinah e Curtis lasciano il Team, dopo aver scoperto che Oliver li teneva sotto controllo per scoprire il traditore e insieme fonderanno un nuovo team. Alla fine della stagione Oliver, in cambio dell'aiuto dell'FBI nella lotta contro Ricardo Diaz, rivelerà al mondo di essere Green Arrow, venendo imprigionato.
