Un treno di pendolari diretto a Los Angeles esplode, un uomo ruba la valigetta da un passeggero sopravvissuto al disastro e poi lo elimina. Jack si è stato licenziato dal CTU e adesso lavora per il Segretario della Difesa, James Heller. Jack ha una relazione con la figlia di Heller, Audrey e il loro rapporto sta diventando una cosa seria. Bauer si trova a Los Angeles per un incontro con il direttore del CTU, Erin Driscoll, la donna che lo ha licenziato un anno fa. Una possibile minaccia terrroristica viene segnalata al CTU, ma Driscoll e il suo nuovo staff non includono Jack nelle indagini. Un giovane hacker di nome Andrew Page, è testimone di qualcosa su internet che non avrebbe dovuto vedere. Immediatamente Andrew si vede costretto a scappare per salvarsi la vita. Inseguito da un gruppo di terroristi, riesce a mandare un messaggio a Chloe O'Brien prima che sia troppo tardi. Gli Araz, una famiglia Turca, non sono ciò che sembrano e presto diventa chiaro che sono coinvolti con gli eventi della giornata. Nel frattempo Heller ha un confronto con suo figlio, dal quale si è allontanato. Jack cerca di provare che l'esplosione del treno è stata soltanto un diversivo e si rende conto che può contare solo sull'aiuto di Chloe.
