Michael chiede aiuto a Nika per fermare l'emorragia di Lincoln. Subito dopo cerca di recuperare l'automobile lasciata davanti al negozio di ferramenta che però è stata portata in un deposito perché priva del ticket relativo alla sosta. Bellick incontra casualmente Geary in un minimarket e i due dopo essersi azzuffati decidono di mettersi in società per catturare i fuggitivi. Prima di andare a caccia, Bellick fa però visita a Manche e riesce a farsi dire dall'uomo dove sono diretti gli evasi. Michael nel frattempo raggiunge il deposito e sta per riprendersi l'automobile quando arriva una telefonata di Mahone: un uomo, infatti, ha rubato la borsa che era al suo interno e il contenuto di questa (compresi i passaporti) viene consegnato all'FBI. Mahone chiede al ragazzo del deposito di temporeggiare ma Michael intuisce tutto e fugge prontamente per andare a prendere Lincoln, ormai ristabilitosi. Sucre viene a sapere da un suo amico che Maricruz si sposerà due giorni dopo con Hector a Las Vegas e, dopo aver rubato un'automobile ed essere scappato da un agente della polizia che lo aveva identificato, prende in prestito la moto dell'amico con l'intenzione di fermare il matrimonio. C-Note si mette in contatto con la figlia e la moglie; quest'ultima tradisce però la sua fiducia raccontando ai federali ciò che sa. Sara, appena dimessa, viene arrestata e alla stazione di polizia le fa visita il padre che le consiglia caldamente di dichiararsi non colpevole e dimostra ancora una volta alla figlia quanto tenga più alla sua carriera che alla ragazza; L'uomo sta infatti per essere eletto vicepresidente. Il giorno stesso Sara riprende a frequentare le riunioni per tossicodipendenti e qui viene tenuta d'occhio da Kellerman che finge di avere lo stesso suo problema. Michael e Lincoln riescono a far credere a Mahone di essere rimasti uccisi durante l'esplosione della loro automomobile. Bellick però, seguendo Nika sopraggiunta sul luogo dell'esplosione per recuperare i due fratelli, si mette all'inseguimento dei fuggitivi, ormai sicuri di aver fatto perdere le loro tracce.
