L'agente che ha parcheggiato davanti alla casa di Jeannette non è altri che la figlia della donna. Mentre T-Bag minaccia di tagliare la gola alla madre, Lincoln riesce a fermare la ragazza e le due vengono legate ad una sedia e guardate a vista da Sucre. Gli altri continuano a scavare finché Lincoln apprende dal telegiornale che LJ verrà rilasciato l'indomani a causa della perdita di alcune prove. L'uomo decide perciò di andarlo a recuperare dividendosi da Michael con il quale però stabilisce di incontrarsi presso un certo luogo, tre giorni dopo, ad una determinata ora. In realtà LJ è stato rilasciato grazie ai Servizi Segreti che vogliono usarlo per tendere un'imboscata a Lincoln. I Servizi inoltre inscenano il suicidio del padre di Sara e l'agente Kim annuncia a Kellerman che il loro prossimo obiettivo sarà la dottoressa Tancredi. Micheal e C-Note continuano a scavare ma si insospettiscono per il ritardo di Tweener. Quest'ultimo, messo sotto custodia, non vuole rivelare a Mahone il luogo dove sono i suoi ex-compagni di fuga. Mahone cerca di conquistare la sua fiducia raccontandogli della faccenda di Oscar Shales, un pericoloso omicida che lo ha tormentato con la sua fuga anni addietro. Haywire continua la sua fuga solitaria e, dopo essersi fermato presso un bazaar, fa amicizia con un cagnolino e pensa di potersi costruire una zattera con la quale dirigersi in Olanda, affascinato del quadro rubato in casa dell'anziana signora cieca. Ann, la poliziotta figlia di Jeannette, fa pressione su Sucre affinché si consegni alla polizia non compromettendo il suo futuro e quello del suo bambino. Sara non riesce a credere che il padre possa essersi ucciso in seguito al ritiro della sua candidatura come Vicepresidente degli Stati Uniti e trova nello studio in cui l'uomo si è, all'apparenza, impiccato una misteriosa chiave. Tornata a casa scopre che qualcuno ha preparato per lei una dose letale di morfina: mentre l'osserva sconvolta, si vede un'ombra alle sue spalle. Tweener decide di collaborare con Mahone a patto che si rechi lui stesso nella casa in cui sono i fuggitivi. In realtà, il ragazzo li porta a casa di Debra Jean alla quale chiede scusa e promette di scriverle una volta tornato in carcere. Michael, C-Note e T-Bag trovano finalmente il denaro e dicono a Sucre che possono finalmente andar via; Quest'ultimo però si presenta con la pistola in pugno e ordina loro di non muoversi. Mahone, sconvolto per l'atteggiamento di Tweener, porta via con sé il ragazzo. Dopo essersi fermato sul ciglio della strada, gli rivela che in realtà ha ucciso Oscar Shales in quanto la sua cattura stava diventando troppo complicata ed, in preda ad una furia psicotica, colpisce più volte Tweener sparandogli con la pistola uccidendolo e posizionando un'altra pistola nelle mani del giovane, inscenando così una sparatoria per legittima difesa.
