La Daedalus, la nuova astronave da battaglia terrestre, arriva in soccorso di Atlantide al comando del Colonnello Caldwell. L'intervento fortuito della nave riesce a mettere in salvo Sheppard, partito per una missione suicida allo scopo di distruggere le navi Alveari dei Wraith. Dalla Via Lattea è arrivato anche un nuovo ZPM che McKay mette in funzione per attivare gli scudi della città. Nel frattempo Ford viene recuperato dalle acque che circondano Atlantide, ma il tenente non è più quello di prima...
