Yamato riesce a sopprimere il chakra della Volpe e Sakura cura Naruto. Nel frattempo, Sai convince Orochimaru e Kabuto a fidarsi di lui e se ne vanno via tutti e tre. La copia di Yamato avverte quest'ultimo e, poi, li insegue. Naruto, Sakura e Yamato raggiungono il luogo del precedente scontro con Orochimaru e trovano gli oggetti di Sai per terra. Yamato ipotizza che Sai stia svolgendo una missione segreta e che Danzo abbia intenzione di far cadere il Villaggio della Foglia.
