Quando sembra la fine per Soul e Maka, giungono nella basilica il Dr. Stein e il padre di Maka Spirit, i quali capiscono le capacità del sangue nero. In tal modo Stein, sfruttando l'onda della sua anima, riesce a neutralizzare Crona scagliandolo fuori dall'edificio. Tuttavia entra in scena il misterioso personaggio che manovra Crona, la potentissima strega Medusa. Essa però non ha intenzione di combattere e fugge portando via Crona con sé. Ritornati a casa, Soul viene ricoverato nell'infermeria della Shibusen e si scopre che il sangue nero ha infettato il suo corpo.
