Kim sta per fare la sua prima ecografia, inizialmente J.D. pensa di non andarci poiché è molto impegnato nel cercarsi un nuovo appartamento, però, poi capisce quanto sia importante e decide di andarci. Carla, Elliot, Keith decidono di accompagnarlo e grazie a Ted useranno il nuovo camper del dottor Kelso, dove si è nascosto l'inserviente. Intanto tramite un'ecografia si scopre che il bambino che aspetta Jordan dovrà essere operato ancora prima di nascere. J.D. arriva all'ospedale dove lavora Kim, ma lei gli dice che ha subito un aborto e che ha ricevuto un'offerta di lavoro permanente nel nuovo ospedale; così J.D e Kim si lasciano da buoni amici. Alla fine della puntata si vedrà però Kim fare l'ecografia, scoprendo quindi che ciò che ha raccontato a J.D. era una bugia. Nel frattempo l'operazione del figlio di Jordan e Cox va bene, e si scopre che sarà una bambina.
