1993년, 대전시 동남쪽에 위치한 한적한 산골짜기에서 한 젊은 남자가 서성이고 있다. 그의 이름은 심규상, 직업은 기자였다. 골짜기를 오가며 발밑을 살피던 심 기자는 뭔가를 발견하고 소스라치게 놀란다. 그의 눈에 들어온 것은 다름 아닌 사람의 뼈! 골짜기 여기저기에 사람의 뼈가 널려 있었다. 충격적인 광경을 목격한 심 기자는 곧장 마을회관에 찾아가는데. 마을 어르신들은 전부터 그 골짜기에서 사람 뼈가 많이 나와 ‘골령골’로 불린다고 털어놓는다. 대체 골령골에서 무슨 일이 있었던 걸까? 그 비극적인 사건을 알기 위해선 시간을 거슬러 올라가야 한다. 6.25 전쟁 발발 이틀 후, 전쟁의 여파가 채 닿지 않은 충남 서천에서 전과 다름없는 일상을 보내고 있던 남식 씨의 집에 경찰관들이 찾아온다. 그들과 함께 집을 나선 남식 씨의 아버지는 그 후 사라지고 말았다. 이와 같은 일들은 전국 각지에서 동시에 벌어졌다. 전선에서 인민군과 치열한 전투가 벌어지던 그때, 후방에서는 수 많은 사람들이 행방불명된 것이다. 그들은 대체 어디로 사라진 걸까? 수십 년간 역사의 뒤안길에 묻혀있던 참혹한 비밀은 2007년, 마침내 모습을 드러내는데...