양친의 얼굴도 모른채 성장한 12살 소년 곤은 세계 제일의 헌터라 칭송받는 아버지와 만나기 위해 헌터가 되기로 결심한다. 헌터란 세계 최고의 직업으로 괴수나 범죄자를 잡거나 보물을 찾고, 새로운 자연현상을 발견하는 등 귀중하고 구하기 힘든 아이템을 찾아 생명을 거는 사람들을 뜻한다. 사람과 자연의 질서를 지키는 일을 기본적인 사명으로 삼는 헌터는 방대한 지식, 건강한 육체와 건전한 정신 그리고 강한 신념을 필요로 하는 세계적인 엘리트 집단이다. 헌터 자격증을 소진한 정식 헌터는 임무를 위한 모든 편의가 무상으로 제공되며, 부와 명성을 누릴 수 있는 최고 지위의 상징이기도 하다. 최고의 헌터를 발탁하기 위해 매우 까다로운 고난도의 헌터 자격시험에는 매년 수많은 헌터 지망생들이 각자의 신념을 위해 몰려든다. 자신을 키워준 미트 고모의 거센 반대에도 불구하고 마침내 곤은 헌터 자격시험 지원허락을 받아 여행길에 오른다. 곤은 헌터 시험에 도전하는 과정에서 키르아, 레오리오, 크라비카와 우정을 쌓게 되고, 일생 일대의 라이벌 히소카와도 만나게 된다. 어려운 시험을 통과하기 위해 힘과 재치, 순발력과 적응력은 기본이며, 친구를 위해 고통을 감수하는 우정 또한 필수요소이다. 다양한 능력을 지닌 사람들과 만나고 맞서면서 곤은 자신의 숨겨진 능력을 발굴해 내고 마침내 헌터 자격증을 따낸다. 그리고 천공격투장에서 격투를 하면서 육체의 잠재력을 이끌어 내는 기술 넨(念)을 배우게 된다. 과연 곤은 히소카와 대등한 능력을 지닌 헌터로 성장할 수 있을까? 그리고 아버지 진을 만날 수 있을까?
