고등학교 3학년을 지내고 있었던 10월, 아라라기 코요미는 칸바루 스루가로부터 1학년 전학생, 오시노 오우기를 소개받는다. 코요미에게 상담할 게 있다는 오우기. 오우기는 나오에츠 고등학교의 도면을 작성하면서 기묘한 일이 있었다고 말을 꺼낸다. 그걸 계기로, 코요미의 고교 생활을 결정 지은, 그대로 묻혀버릴 예정이었던 이야기가 드러나게 된다. 이것은 아라라기 코요미가「무엇」으로 되어 있는가에 대한 이야기. 이것은 모든 것의「시작」을 알게 되는 이야기.
