요괴에게 이름을 돌려주느라 바쁘게 지내는 나츠메의 앞에 야츠하라에 사는 요괴가 인간을 퇴치해달라며 찾아왔다. 그 인간은 아무 해를 끼치지 않고 조용히 살고 있는 요괴들을 퇴치하며 다닌다는 것이다. 그 무렵, 학교에서는 나츠메를 주시하는 인물인 타누마가 나타난다. 나츠메는 타누마가 최근 야츠하라의 신사로 이사를 왔다는 이야기를 듣고, 요괴를 퇴치하러 다니는 인간이 타누마가 아닌지 의심한다. 그러나 진짜 범인은 타누마가 아닌, 타누마의 아버지로 최근 야츠하라 신사로 이사 온 스님이었다. 스님은 요괴의 기척을 느낄 수 있는 기가 예민한 아들을 위해 단순히 정화를 하고 다녔을 뿐이었지만, 오랜 기간의 수행을 통해 본인도 모르는 사이에 요괴를 퇴치할 정도의 능력을 갖게 된 것이었다. 오해를 풀게 된 나츠메는 자신과 어딘가 닮은 타누마에게 동질감을 느끼고, 친구가 된다.
