어려서부터 요괴가 보였고 그로 인해 주위에서 소외되었던 나츠메 타카시. 타카시는 경호원을 자처하는 요괴 야옹 선생과 함께 할머니 레이코의 유품 “우인장”에 쓰여 있는 요괴들의 이름을 되돌려주면서, 다정한 후지와라 부부와 친구들 사이에서 자신의 자리를 찾아간다. 그러던 어느 날 나츠메는 재앙을 알린다는 요괴 카게쟈완이 뛰어다니는 것을 목격한다. 나츠메는 겨우 손에 넣은 소중한 장소를 지키기 위해 요괴와 얽히지 않겠다 다짐하지만 우연히 만난 노파 요괴를 돕게 된다.
