Jesse werkt bij het Oceanografisch Instituut op Misty Island, dat zich inzet voor milieu- en waterbescherming en dient als opvangcentrum voor zieke en gewonde zeedieren. Jesse heeft het buitengewone vermogen om met Willy en andere dieren te praten. Hij en zijn walvis vormen daarom de ideale schakel tussen de mens en de bedreigde natuur. Met de hulp van Jesse, Willy en hun vrienden slaagt de bemanning van Misty Island erin de bedreigde flora en fauna te redden van vernietiging door de kwaadaardige Machine en zijn slijmerige groene helpers. De slechterik accepteert elke vernietiging van het milieu om Willy te bevechten, met wie hij een oude vijandschap heeft. Maar uiteindelijk winnen vriendschap, teamgeest en liefde voor de natuur altijd. De 21-delige animatieserie is een vervolg op de twee films “Free Willy” en “Free Willy II”.
