Er zijn 4000 jaar verstreken sinds de mensheid de aarde verliet. Gedwongen om te vechten tegen een buitenaardse levensvorm, Gnosis, ontwikkelde de mensheid KOS-MOS - een gevechts-android met verbazingwekkende mogelijkheden. Wanneer een schip met Android wordt aangevallen, wordt KOS-MOS geactiveerd en wordt de maker ervan, Shion Uzuki, gered. Maar KOS-MOS wil haar orders niet op een rij zetten en voert een onbekend plan uit. Nadat hun schip is vernietigd, komen Shion en haar metgezellen midden in een gevecht terecht met Gnosis, de U-TIC Organization en hun eigen superieuren. Strijd zonder duidelijke kanten.
