Terwijl Jessie, James en Meowth een plan smeden om Pikachu te stelen, worden zij daarbij onderbroken door twee geheimzinnige figuren: een vrouw met een kap op, genaamd Madame X en Malamar, een Pokémon met ongelofelijke hypnotische krachten. Jessie en James gaan al snel voor de bijl, maar het lukt Meowth om te ontsnappen en hij rent recht op onze helden af. Ash, Serena, Clemont en Bonnie helpen de gewonde Meowth weer overeind en hij waarschuwt hen voor Madame X en Malamar, die Pikachu willen pakken. En zo gebeurt het ook wanneer die twee tevoorschijn komen met Jessie en James die gehypnotiseerd zijn. Pikachu wordt gepakt met Malamar’s Psychisch en ze verdwijnen naar hun schuilplaats. Clemont heeft een nieuwe uitvinding; een robot in de vorm van een Pikachu, die is ontworpen om Pikachu’s specifieke energie op te sporen en ze volgen het naar een observatorium. Daar komt hij vast te zitten in een hek en explodeert. Clemont repareert hem snel en dan ziet Bonnie Agent Jenny’s motor buiten het gebouw geparkeerd staan. Als onze helden op onderzoek gaan, vinden ze Madame X binnen, samen met Pikachu, die ook gehypnotiseerd is door Malamar! Malamar brengt snel Serena, Bonnie en Clemont onder hypnose, maar Meowth valt Ash aan om te zorgen dat hij niet onder hypnose komt. Pikachu gehoorzaamt in eerste instantie het bevel van Madame X om Ash koste wat het kost te stoppen, maar de band tussen Ash en Pikachu is sterker dan welke hypnotische kracht ook, en Pikachu weet de trance van zich af te schudden. Dan komt de Pikabot, die weer verder is gegaan met opsporen, op de proppen. Hij ramt Malamar, verstoort zijn krachten en iedereen is weer normaal, ook Madame X, die haar kap afwerpt, en tevoorschijn komt als Agent Jenny! Malamar gniffelt en Meowth vertaalt. Blijkbaar had Malamar een meesterplan om een apparaat te gebruiken waarmee de geest bestuurd kan worden en hiermee de macht over de wereld te grijpen. Agent Jenny in zijn greep houden om haar als handlanger te gebruiken, was alleen maar een eerste stap, maar nu zijn plan is ontdekt, heeft hij besloten om het apparaat te vernietigen. Iedereen rent weg terwijl het hele gebouw ontploft, maar Malamar ontsnapt! Hoe zal het verder gaan met meesterplan?
