Het tweede seizoen van de fantasyserie staat in het teken van twee mutantengroepen die tegenover elkaar komen te staan: The Mutant Underground en de Hellfire Club. De eerste gelooft nog dat een vreedzaam samenleven tussen mensen en mutanten mogelijk moet zijn, de tweede richt zich op terrorisme. Advocaat Reed probeert de rust te bewaren tussen de mutanten en uitwassen te voorkomen. Maar hij verzwijgt iets.
