Archiwum X zostaje zamknięte, a Mulder i Scully zostają rozdzieleni. Scully prowadzi zajęcia w Akademii FBI w Quantico w Wirginii, podczas gdy Mulder zostaje przydzielony do nadzoru. Z agentem Alexem Krycekiem jako nowym partnerem i tajemniczym X jako nowym źródłem informacji, Mulder walczy, aby utrzymać swoje poszukiwania prawdy przy życiu. Ale jak na ironię, to Scully doświadcza bliskiego spotkania, na które Mulder czekał od dawna, podejmując podróż, która ostatecznie zbliży obu agentów do siebie i stworzy więź, która zbliży ich bardziej niż kiedykolwiek wcześniej.