W sezonie 2 Master Chief prowadzi swój oddział elitarnych Spartan do walki z imperium obcych o nazwie Przymierze. John-117, który jest największą nadzieją ludzi na wygranie wojny, odkrywa swoje głębokie powiązanie z tajemniczą obcą konstrukcją skrywającą klucz do uratowania lub zniszczenia ludzkości – Halo.
