Snake Eyes är en ensamvarg som välkomnas in i en uråldrig japansk klan, Arashikage, efter att ha räddat den blivande ledarens liv. Efter ankomsten till Japan lär Arashikage Snake Eyes ninjakrigarens väg, samtidigt som de ger honom något som han alltid har längtat efter: ett hem. Men när hemligheter från hans förflutna avslöjas, kommer Snake Eyes ära och trohet att sättas på prov - även om det innebär att de som är närmast honom inte längre kan lita på honom.