故事发生在第一次世界大战时期的非洲。查尔斯·奥尔纳特是一名因失业而流落到非洲的矿山机械师，女主人公罗茜·塞耶是一位向非洲土人传道的教士。为了抵抗德国人，两人同乘一艘破旧的游艇－－“非洲女王号”，沿河顺流而下。途中，这对个性迥然不同的中年男女不仅产生了真挚的爱情，而且还勇敢地击沉了一艘德国战舰…… 1914年，在东非一片僻静的丛林里生活着一些土著人，来自英国的牧师和他的妹妹罗茜也长期生活在这里。奥尔纳特驾驶着他的“非洲女王号”穿行于各个部落之间，为他们传递信件。这天，他带来消息说，英、德之间已经开战了，也许会秧及到这里。果然，德军在第二天便闯进村，烧毁了所有的房屋，赶走了所有的村民，善良的牧师因此而发疯并最终病死。 罗茜请求奥尔纳特送她回到英属的地界，但奥尔纳特不同意，因为那样就必须经过乌兰加河，那是一条从没人能活着航行过去的河道，况且德军的“路易斯号”大渡轮在交界处守着，凭“非洲女王号”这样的小船是无法与它抗衡的。罗西看到船上的炸药和氧气筒突发奇想，利用它们可以自制鱼雷，击沉“路易斯号”。罗西离奇的想法令奥尔纳特惊叹不已，但他不得不承认，这是个聪明的办法。于是，奥尔纳特还是和罗茜一起上路出发了，因为个性不同，沿途两人时常针锋相对、互不相让，但途中的各种艰难险阻和共患难的经历，使他们惊讶地发觉自己竟然爱上了对方；一路上，奥尔纳特教会了罗西许多驾船的技巧，他们逃过了鳄鱼的追赶，驶过了充满暗礁的河道。 最终他们还是被德军的“路易斯号”发现了，很快“路易斯号”出现在他们面前，就在两人安装好自制的鱼雷，瞄准目标蓄势待发之即，暴风雨不期而至，“非洲女王号”被打翻了。醒来时已经风平浪静，他们被“路易斯号”上的德军抓获。正欲实施绞刑之时，意想不到的事情发生了，浮出水面的“非洲女王号”慢慢地向“路易斯号”漂来，两船相撞后，鱼雷爆炸，跳水逃生的奥尔纳特和罗西远远地看到“路易斯号”沉下了水面······
