Nachdem Sayaka die Hexe besiegen konnte, lehnt sie es jedoch aus Frust die Aufnahme und Verwendung des Grief Seeds ab. Als Madoka bemüht ist Sayaka wieder zu Vernunft zu bringen, äußert sich die tief sitzende Frustration derart, dass sie ihrer besten Freundin Vorwürfe macht und letztendlich davonläuft. Unterdessen treffen sich Homura und Kyōko zu einem Gespräch über die bevorstehende Walpurgisnacht in die sich auch Kyubey einmischt. Er berichtet ihnen in sachlichen Ton, dass etwas schlimmes passieren werde, wenn Sayaka nicht ihren Soul Gem nicht bald reinigen würde. Sayaka bleibt unterdessen die Nacht über ihrem Zuhause fern und beobachtet am nächsten Tag wie Hitomi sich anschickt dem mittlerweile wieder recht fitten Kyōsuke ihre Liebe zu gestehen. Dadurch noch weiter verzweifelt, schlägt sie auch die letzte Bitte von Homura aus einen ihrer Grief Seeds anzunehmen. Nachdem auch dieser letzte Versuch gescheitert ist, entschließt sich Homura Sayaka zu töten, um Madoka weitere Schmerzen zu ersparen. Dazu kommt es jedoch nicht, da Kyōko sie davon abhält. Kyubey versucht unterdessen die Gunst der Stunde zu nutzen um die verzweifelt nach Sayaka suchende Madoka zu überzeugen nun dennoch ein Magical Girl zu werden, um auf diesen Weg ihre Freundin zu retten. Kurz davor stehend ihren Wunsch auszusprechen greift jedoch Homura in das geschehen ein, die Kyubey vor den Augen Madokas mit Kugeln durchsiebt. Homura, die sonst sehr kühl und abgeklärt agiert hatte, bricht daraufhin selbst in Tränen aus und bittet Madoka auf keinen Fall sich so selbstlos zu opfern. Madoka, die in diesem Moment recht ratlos und durcheinander ist, begibt sich daraufhin weiter auf die Suche nach Sayaka, während Homura mit der Überresten von Kyubey zurückbleibt. Kyubey ist aber keinesfalls tot. Stattdessen taucht ein weiterer mit gleicher Persönlichkeit auf, der die Überreste verschlingt. Danach erkennt er Madoka als ein Magical Girl, das aus einer anderen Zeitlinie stammt. Sie selbst erfährt das Kyubey eigentlicher Name Incubator ist. Die seitdem noch nicht wieder aufgefundene Sayaka steigert sich unterdessen immer weiter in Situation hinein und wird in einem Zug Zeuge einer Unterhaltung zwischen zwei jungen Männern, die Wertigkeit von Frauen auf das niedrigste herunterspielen. In ihrer starken Depression stellt sie sich den beiden und bringt sie um. Zurückgezogen auf einer Bank wird sie schließlich von Kyōko gefunden, die sich aber auch noch ihre Reue anhören kann und schließlich sieht wie der Soul Gem von Sayaka sich komplett schwarz färbt, zerbricht und sich in einen Grief Seed verwandelt.
