Nach einem Vorspann, der die Entstehung und den Werdegang Mewtus erzählt, reisen wir mit Pokémon-Trainer Ash Ketchum und seinen Freunden zum geheimnisvollen Tal der Reinheit. Ein beschwerlicher Weg, der eigentlich nur mit dem einmal monatlich fahrenden Bus zu überwinden ist. Sie verpassen diesen, doch lernen sie dafür Domino kennen (auch als schwarze Tulpe bekannt), die allerdings als Agentin für das Team Rocket arbeitet. Im Tal leben zurückgezogen der zur Freundlichkeit bekehrte Mewtu, der von herrschsüchtigen Menschen erschaffene Klon, nebst den anderen Pokémon-Klons. Das Team Rocket möchte allerdings zeitgleich Mewtu gefangen nehmen, um zur Erlangung der Weltherrschaft dessen Kräfte einzusetzen. Selbstverständlich lässt unsere Hauptfigur Ash Ketchum nichts unversucht, die Pläne der Rockets zu vereiteln. Doch wird das Team Rocket jemals aufhören, krumme Sachen zu drehen?
