Yusei utilise le Dragon Quasar Filant pour détruire tous les Dieux Machine Temporel de Z-one et parvient alors à invoquer le Dragon Étoile Filante pour infliger des dommages à Z-one. Ce-dernier parvient cependant à invoquer son ultime Dieu Machine Temporel, Sephiron, qui ressuscite 4 autres Dieux Machine Temporel, angmentant sa puissance d'attaque à 20000. Malgré la destruction du Dragon Étoile Filante, Yusei survit grâce à son piège, Regroupement des Vœux qui lui permet d'invoquer son Dragon Poussière d'Étoile, lui donnant également une plus grande force d'attaque. Avec le soutien de ses amis et des habitants de New Domino City, Yusei arrive à battre Z-one, arrêtant la descente de la Citadelle de la Peur, bien qu'elle continue à tomber en morceaux. Yusei se prépare à se sacrifier afin d'appliquer de l'énergie positive au réacteur Ener-D de la Citadelle, mais Z-one décide d'y aller à sa place. Alors que la Citadelle disparait du ciel de New Domino City, Yusei retrouve ses amis.
