En continuant leur voyage, nos héros et N se trouvent confrontés aux bandits de la Team Plasma, qui attrapent d'innocents Pokémon pour leur faire subir des expériences aux buts maléfiques ! Alors qu’une bataille acharnée fait rage, N est pris entre deux feux et est sévèrement blessé. Deux femmes mystérieuses surgissent alors d'un épais brouillard et emmènent N, évanoui, à un étang dans lequel elles l’immergent, devant les yeux de nos héros.
